Durante la reunión de la Iniciativa Internacional de Mapeo de las Triticeae, auspiciada por el CIMMYT, que tuvo lugar en la ciudad de México en septiembre de 2011, se constituyó de manera no oficial un consorcio internacional para desarrollar análisis de genotipeado basados en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en el sistema de la tecnología KASP (Kompetitive Alelle Specific PCR) de la compañía KBiosciences, para una serie de marcadores de trigo que normalmente se utilizan en la selección asistida por marcadores (MAS, por su siglas en inglés).
Recientemente se han creado varias plataformas para hacer genotipeado de alta densidad (un gran número de SNP y un número reducido de plantas individuales), que se han empleado con buenos resultados en el genotipeado de trigo. Sin embargo, existen solo unas pocas opciones para los mejoradores y genetistas de trigo que desean realizar genotipeado de densidad de media a baja en un número grande, o muy grande, de plantas individuales que son comunes en MAS. Entre las herramientas existentes, la plataforma KASPar tiene varias ventajas: la tasa de conversión es alta en diferentes tipos de polimorfismos, como los mega InDels, que con frecuencia se observan como diferencias funcionales en los genes de trigo, y su uso en análisis es flexible y no es necesario que los grupos de científicos compren equipo nuevo.
“Comenzamos a evaluar los ensayos que desarrollamos en una máquina antigua de PCR en el Centro de Biotecnología Aplicada, y luego poco a poco creamos nuestro propio sistema de SNP. Con los experimentos que hacíamos casi todos los días en nuestro laboratorio disminuyeron por lo menos a la mitad el tiempo y el costo de la provisión de datos MAS para el Programa Global de Trigo”, dice Susanne Dreisigacker, jefa del laboratorio molecular de trigo del CIMMYT en El Batán.
En los dos últimos años, los miembros del consorcio han compartido los nuevos marcadores que han creado, y la mayoría de los marcadores SNP han sido ensayados en varios laboratorios, incluido el del CIMMYT, con resultados reproducibles. El consorcio decidió poner a disposición del público los KASP wMAS (MAS de trigo) y, por esa razón, se subieron 40 marcadores SNP de genes a la Base de Datos de Cereales (CerealsDB). También se puede acceder a estos marcadores SNP mediante los servicios de laboratorio de LGC Genomics.
Los marcadores fueron desarrollados por los siguientes miembros del consorcio: Susanne Dreisigacker (CIMMYT); Gina Brown-Guedira (USDA); Peter Sharp y Chong-mei Dong (Universidad de Sydney); Catherine Ravel (Instituto Nacional de Investigación Agrícola, INRA); Simon Griffiths, David Laurie y Cristóbal Uauy (John Innes Centre, JIC).
Para mayor información, diríjase a la Dra. Susanne Dreisigacker, sdreisigacker@cgiar.org.